آيت‌الله سيد‌احمد خاتمي امروز در گفتگو با خبرنگار فارس در قم با اشاره به درگذشت علامه سيد‌مرتضي نجومي گفت: ايشان عالمي وارسته، فريخته و تحصيل‌كرده در حوزه علميه بزرگ و كهن نجف اشرف بود كه از محضر بزرگان آن حوزه بهره‌هاي بسياري برده و خوشه‌چيني كرده بود.
وي افزود: اين عالم وارسته دانش خود را در خدمت مردم خون‌گرم، صميمي و عاشق اهل‌بيت(ع) استان كرمانشاه قرار داده و همواره در خدمت مردم بود. عضو جامعه مدرسين حوزه علميه قم اظهارداشت: علامه نجومي از اركان علمي و فقهي اين استان به حساب مي‌آمد و مردمي بودن ايشان زبانزد خاص و عام بود

آيت‌الله خاتمي گفت: ايشان عالم والايي بود و به نظام اسلامي ايران سخت عشق مي‌ورزيد و انس ويژه‌اي با جوانان داشت. وي با اشاره به فعاليت‌هاي اين عالم رباني در استان كرمانشاه بيان داشت: علامه نجومي در استان كرمانشان فعاليت‌هاي بسياري را انجام داد و توانست جوانان بسياري را با مساجد آشنا كند
امام جمعه موقت تهران گفت: مسجدي كه او در استان كرمانشاه در آن نماز مي‌خواند كانون پرشور جوانان ولايي بود و جوانان با شوق به آن مسجد مي‌رفتند. آيت‌الله خاتمي اظهار داشت: درگذشت اين عالم فرهيخته ضايعه‌اي سنگين براي مردم استان كرمانشاه است و اينجانب اين داغ سنگين را به محضر خانواده ايشان، مردم كرمانشاه و به ويژه عالم وارسته آيت‌الله علما نماينده ولي فقيه در استان و امام جمعه كرمانشاه تسليت مي‌گويم و صبر جميل را براي آنها خواستارم